醫科系涵蓋了分子醫學、醫藥生物技術、生醫工程等多項領域，並兼重理論與實務，故本系畢業生具備堅實理工與醫學基礎，非常適合繼續就讀基礎醫學相關研究所，從事醫學研究或進入國內外學士後醫學系接受臨床訓練。產業界的就業方向包括生技製藥產業，參與藥物、疫苗、檢驗試劑、醫療器材的臨床實驗，亦可將醫學相關專業知識與法律、管理結合，成為科技法律、科技管理的專業人才。